SNCF Gares & Connexions est le maître d'ouvrage des gares ou haltes nouvelles du GPSO. En lien étroit avec les autres partenaires du projet, SNCF Gares & Connexions assure la conception de ces gares, les réalisera et les exploitera à l'issue du projet.

Dans le cadre de la phase 1 du GPSO, 3 gares nouvelles et 1 halte ferroviaire nouvelle destinée aux Services Régionaux à Grande Vitesse (SRGV) vont être créées : 

• La gare nouvelle de Montauban située sur la commune de Bressols (82). Au sud de Montauban, elle s'inscrit à l'intersection de la ligne ferroviaire actuelle (Bordeaux-Toulouse) et la future ligne à grande vitesse
• La gare nouvelle d'Agen située sur la commune de Brax (47), au sud-ouest d'Agen disposera à terme d'une "navette TER" en direction de la gare d'Agen
• La gare nouvelle de Mont-de-Marsan située sur la commune de Lucbardez-et-Bargues (40) au nord-est de la ville de Mont-de-Marsan
• La halte nouvelle SRGV située en Sud-Gironde, sur la commune d'Escaudes.