Dans l'attente des résultats des travaux de la Commission Mobilité 21, en charge de proposer une hiérarchisation des projets inscrits en Schéma National des Infrastructures de Transport, la mission GPSO prépare l’ensemble des dossiers nécessaires pour les enquêtes publiques prévues à l'automne 2013. Compte tenu des caractéristiques du programme du GPSO, trois enquêtes publiques seront nécessaires :
- une enquête sur les six départements d'Aquitaine et Midi-Pyrénées concernés, pour les lignes nouvelles Bordeaux-Toulouse et Bordeaux-Espagne
 - une enquête en Gironde, pour les aménagements ferroviaires de la ligne existante au sud de Bordeaux
 - une enquête en Haute-Garonne, pour les aménagements ferroviaires de la ligne existante au nord de Toulouse.